Покупал квартиру, При получении зарегистрированного договора в МФЦ мне не выдали свидетельство о праве собственности, сказали, что их теперь нет. Правда ли это?

Вы можете продать свою долю в квартире. Для этого Вам нужно обратиться к нотариусу и послать брату уведомление о продаже Вашей доли в праве общей долевой собственности на Ваших условиях (цена продажи, согласие или несогласие на рассрочку и т.п.) по адресам нахождения Вашей квартиры и регистрации брата, если они не совпадают, письмом с уведомление о вручении. Если же по истечении одного месяца после получения уведомления Вашим братом он не выразит желания приобрести Ваши доли или истечет срок хранения письма на почте, Вы сможете продать Ваши доли любому лицу по цене не ниже, указанной в уведомлении.
Советуем Вам обсудить с братом продажу квартиры целиком с разделом причитающихся за продажу средств. Правильное решение в Вашем случае можно принять, только проанализировав Вашу ситуацию при личной консультации.

Советуем Вам договориться об отказах от преимущественного права покупки с теми сособственниками, с которыми удастся. Остальным же выслать составленные нотариусом уведомления о продаже Вами долей в праве общей долевой собственности на Ваших условиях (цена продажи, согласие или несогласие на рассрочку и т.п.) по адресам собственности и регистрации, если они не совпадают. Необходимую информацию Вы можете узнать, заказав выписку из единого государственного реестра прав лично, либо выдав доверенность любому лицу. Указанные уведомления высылаются сособственникам письмами с уведомлением о вручении, если же по истечении одного месяца после получения уведомлений сособственники не выразят желания приобрести Ваши доли или истечет срок хранения писем на почте, Вы можете продать Ваши доли любому лицу по цене не ниже, указанной в уведомлении.

Да, действительно, при повторной покупке Вы сможете получить налоговый вычет с суммы, равной разнице между 2 000 000 рублей и суммой покупки в первой сделке купли-продажи.
Советуем Вам изучить правоустанавливающие документы продавца, возможно, он покупал квартиру по рыночной стоимости, а не приобрел ее по безвозмездной сделке, и, следовательно, согласно ст. 220 НК он может воспользоваться вычетом в размере затрат на приобретение указанной квартиры, т.е. платить налог на прибыль с продажи ему не придется.